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      <title-group>
        <article-title>Annotation und Management heterogener medizinischer Studienformulare</article-title>
      </title-group>
      <contrib-group>
        <contrib contrib-type="author">
          <string-name>Victor Christen</string-name>
          <email>christen@informatik.uni-leipzig.de</email>
          <xref ref-type="aff" rid="aff0">0</xref>
        </contrib>
        <aff id="aff0">
          <label>0</label>
          <institution>Institut für Informatik, Universität Leipzig</institution>
        </aff>
      </contrib-group>
      <pub-date>
        <year>2015</year>
      </pub-date>
      <fpage>60</fpage>
      <lpage>65</lpage>
      <abstract>
        <p>Medizinische Formulare werden fu¨r die Dokumentation innerhalb der klinischen Forschung oder der Dokumentation von Patientendaten verwendet. Es existiert eine Vielzahl verschiedener Formulare, die fu¨r verschiedene Nutzungszwecke bzw. Anwendungen erstellt werden. Aufgrund der resultierenden Heterogenita¨t ist eine Vergleichbarkeit, eine studienu¨bergreifende Analyse oder eine effiziente Suche nicht ohne weiteres mo¨glich. Um die Interoperabilita¨t der Anwendungen, die auf der Auswertung von Formularen basieren, zu erho¨hen, ist eine einheitliche Annotation von medizinischen Formularen mittels einer medizinischen Wissensbasis hilfreich. Eine solche Wissensbasis ist das Unified Medical Language System(UMLS), welches biomedizinisch relevante Konzepte umfasst. Diese Arbeit befasst sich mit der semi-automatischen Annotation von Studienformularen. Basierend auf einem allgemeinen Matching-Workflow, werden weitere Lo¨sungsansa¨tze pra¨sentiert, um die Besonderheiten der Annotation von Studienformularen zu behandeln.</p>
      </abstract>
      <kwd-group>
        <kwd>semantische Annotationen</kwd>
        <kwd>medizinische Formulare</kwd>
        <kwd>klinische Studien</kwd>
        <kwd>UMLS</kwd>
      </kwd-group>
    </article-meta>
  </front>
  <body>
    <sec id="sec-1">
      <title>1. EINLEITUNG</title>
      <p>Medizinische Formulare werden verwendet, um
Patientendaten und resultierende Daten innerhalb einer klinischen
Studie zu dokumentieren. So werden Studienformulare fu¨r die
Rekrutierung der Probanden der jeweiligen Studien
verwendet, indem die Ein- und Ausschlusskriterien definiert
werden. Momentan sind ∼ 180000 Studien auf
http://clinicaltrials.gov registriert, wobei jede Studie
eine Menge von Case Report Forms (CRF) umfasst, um die
notwendigen Daten zu dokumentieren. Im Allgemeinen
werden Formulare einer Studie neu erstellt ohne bereits
existierende Formulare wieder zu verwenden.</p>
      <p>Aufgrund der hohen Anzahl heterogener Formulare ist
eine studienu¨bergreifende Analyse oder der Datenaustausch
komplex und nicht ohne weiteres effizient realisierbar. Um
• Erstellung von Formularen Bisher werden
Formulare mit ihren Items fu¨r eine durchzufu¨hrende Studie
neu erstellt. Die Erstellung eines Formulars ist ein
aufwa¨ndiger Prozess, da z.B. eine unscharfe Formulierung
der Ein- und Ausschlusskriterien zu einer mo¨gl. Menge
an Probanden fu¨hrt, die fu¨r die Studie nicht
vorgesehen waren. Durch die Identifikation bereits
annotierte Formulare, die der Thematik der durchzufu¨hrenden
Items
Patients with established CRF (1) as an
indication for the treatment (2) of
anemia (3)
Patients who have had prior recombinant
erythropoietin (1) treatment whose
anemia (2) had never responded (3)
Ulcerating plaque (1)
yneos 231 CCC000000203292678697181 tKAhindeenrmaepyiaeFuatiilcuraes,pCehcrtosnic</p>
      <p>1 C0376541 ERreyctohmrobpinoaienttin
yneos 2 C0002871 Anemia</p>
      <p>3 C0438286 tArbesaetmnternetsponse to
yes 1 C0751634 Carotid Ulcer</p>
      <p>Studie entsprechen oder a¨hneln, ko¨nnen a¨hnliche Items
bei der Erstellung des neuen Formulars
wiederverwendet werden.</p>
      <p>Ein Formular besteht aus einer Menge von Items. Ein Item
umfasst eine Frage und die dazugeho¨rigen
Antwortmo¨glichkeiten. Eine Antwort hat einen Datentyp wie z.B. Boolean
oder String, bei Freitextantworten, oder kann durch einen
vordefinierten Bereich wie z.B. das Alter von 0 bis 140 oder
eine vorgegebene Menge, die z.B. die mo¨glichen
Symptome definiert, eingeschra¨nkt werden. Bei der Annotation
eines medizinischen Formulars wird jedem Item eine Menge
von Konzepten des UMLS zugeordnet, so dass diese
semantisch beschrieben sind. Ein Beispiel fu¨r die Annotation eines
Formulars fu¨r die Ein- und Ausschlusskriterien einer
Studie bzgl. Blutarmut ist in Abb. 1 dargestellt. Das Beispiel
verdeutlicht die Komplexita¨t der automatischen
Identifikation von Annotationen, da z.B. wie in Frage 1 signifikante
Wortgruppen zu einem Konzept korrespondieren oder die
Frage 3 ein Synonym entha¨lt bzgl. des korrespondierenden
Konzepts.</p>
      <p>
        Die Medical Data Models Plattform bietet bereits
Mo¨glichkeiten fu¨r die Erstellung, die Analyse, den Austausch und
die Wiederverwendung von Formularen in einem zentralen
Metadaten Repository [
        <xref ref-type="bibr" rid="ref2">2</xref>
        ]. Aktuell umfasst das Repository
mehr als 9000 Versionen von medizinischen Formularen und
u¨ber 300000 Items. Um die semantische Heterogenita¨t zu
reduzieren, werden die Formulare mit Konzepten des UMLS
annotiert. Die Annotation der Formulare ist im MDM bisher
nur manuell durchfu¨hrbar und somit sind viele Formulare
nicht bzw. unvollsta¨ndig annotiert, da dieser Prozess sehr
zeitintensiv ist.
      </p>
      <p>
        Die automatische Annotation von Formularen ist thematisch
verwandt mit dem Ontologie-Matching, das eine Menge von
Korrespondenzen, Mapping genannt, zwischen den
Konzepten von zwei oder mehreren Ontologien generiert. Dabei
repra¨sentiert eine Korrespondenz eine semantische A¨
hnlichkeit zwischen zwei Konzepten. Bei der Annotation von
Formularen werden ebenfalls Korrespondenzen ermittelt, wobei
eine Korrespondenz zwischen einem Item und einem
Konzept ist, welches das Item semantisch beschreibt. Auf dem
Gebiet des Ontologie-Matchings existieren eine Vielzahl von
Verfahren [
        <xref ref-type="bibr" rid="ref11">11</xref>
        ], die eine effiziente und effektive Generierung
eines Ontologie-Mappings realisieren, wie z.B. GOMMA [
        <xref ref-type="bibr" rid="ref6">6</xref>
        ].
Aufgrund dessen werden Ansa¨tze des Ontologie-Matchings
fu¨r die Annotation von Studienformularen verwendet, wie
z.B. diverse String-Matchverfahren oder Blocking-Techniken.
      </p>
      <p>Jedoch unterscheiden sich Formulare und Ontologien
dahingehend, dass Formulare nicht formal strukturiert sind und
aufgrund der besseren Versta¨ndlichkeit einen ho¨heren
Freitextanteil beinhalten. Die bisherigen Ontologie-Matching
Verfahren unterstu¨tzen nur unzureichend das Matching von
Entita¨ten mit einem hohen Freitextanteil sowie die Erkennung
von n:m Korrespondenzen.</p>
      <p>Das Ziel unserer Forschung ist die Verbesserung der Qualita¨t
der Annotationen. Des Weiteren soll ein Formular
Management System (FMS) realisiert werden, das die Verwaltung
der Formulare, Ontologien und der berechneten
Annotationen ermo¨glicht. Das FMS soll zusa¨tzlich das
Annotationsverfahren beinhalten sowie Funktionalita¨ten fu¨r die Suche,
Analyse und Verifikation der Annotationen von
Formularen bereitstellen. Fu¨r die Verbesserung der Qualita¨t der
Annotationen und der Effizienz der Verfahren sollen folgende
Aspekte betrachtet werden.</p>
      <p>
        • Identifikation von signifikanten Termen und
zusammengeho¨rigen Einheiten Die Fragen innerhalb
eines Formulars sind in natu¨rlicher Sprache formuliert.
Jedoch sind die Konzepte von Ontologien in einer
kompakten Form beschrieben und auf die relevanten
Terme beschra¨nkt. Somit ist es notwendig innerhalb
einer Frage die signifikanten Terme zu identifizieren. Des
Weiteren kann eine Frage aus mehreren semantischen
Einheiten bestehen, die jeweils durch ein Konzept
beschrieben werden. Aufgrund dessen ist es notwendig
diese Wortgruppen zu identifizieren.
• Wiederverwendung von annotierten
Formularen Da das UMLS eine hohe Anzahl von Konzepten
umfasst, ist die vollsta¨ndige Berechnung des
kartesischen Produkts bzgl. aller Fragen eines Formulars sehr
zeitintensiv. Durch die Verwendung bereits annotierter
Items ist es mo¨glich, die zeitliche Komplexita¨t zu
reduzieren, indem zu dem unannotierten Item a¨hnliche,
bereits annotierte Items ermittelt werden. Die
assoziierten Konzepte der annotierten Items sind
Kandidaten fu¨r die Annotation des unannotierten Items.
• Erweiterte Selektionsstrategien Beim
OntologieMatching wird ein Mapping generiert, wobei durch
Top-k Selektionsstrategien die Korrespondenzen
basierend auf einer berechneten A¨ hnlichkeit selektiert
werden. Da eine Frage durch mehrere Konzepte
beschrieben werden kann, die Konzepte jedoch nicht a¨hnlich
sind, sind solche Selektionsstrategien nicht effektiv.
Aufgrund dessen sind komplexere Selektionsstrategien
erforderlich, die n:m Korrespondenzen beru¨cksichtigen.
• Verifikationsverfahren Mithilfe eines
Expertenkonsortiums soll die Qualita¨t der Annotationen innerhalb
des FMS durch die unterstu¨tzte manuelle
Verifikation der ermittelten Annotationen erho¨ht werden. Des
Weiteren ist es mo¨glich, dass ein Experte weitere
Annotationen vorschlagen kann. Zusa¨tzlich soll ein
Verifizierungsverfahren realisiert werden, welches die
Widerspruchsfreiheit und die Minimalita¨t der assoziierten
Konzepte mit beru¨cksichtigt. So ist z.B. eine Menge
von Annotationen nicht korrekt, wenn zwei Konzepte
innerhalb dieser Menge als disjunkt definiert sind, dass
heißt diese zwei Konzepte besitzen keine gemeinsamen
Instanz. Ein Annotations-Mapping ist nicht minimal,
wenn zwei Konzepte dieselbe Thematik beschreiben.
Mithilfe der is a-Hierarchie und den
Disjunktheitsbeziehungen innerhalb einer Ontologie sind solche
Konflikte identifizierbar und durch die Anwendung von
Auflo¨sungsstrategien zu beheben.
• Reduktion der Vergleiche im
Annotationsprozess Aufgrund der hohen Anzahl der Konzepte bei
Ontologien ist es sinnvoll die Anzahl der Vergleiche im
Annotationsprozess einzuschra¨nken, um eine hohe
Effizienz zu erzielen. Es existieren bereits Verfahren, die
eine Reduktion der Vergleiche ermo¨glichen wie z.B.
La¨ngenfilter, PPJoin[
        <xref ref-type="bibr" rid="ref12">12</xref>
        ] oder Locality Sensitive Hashing
(LSH) [
        <xref ref-type="bibr" rid="ref5">5</xref>
        ]. Als Ziel unserer Forschung sollen a¨hnliche
Verfahren in den Annotationsprozess integriert werden
bzw. neue Verfahren realisiert werden.
      </p>
      <p>Es wurde begonnen ein automatisches Verfahren fu¨r die
Annotation von Formularen zu implementieren. Die
Realisierung eines basalen Workflows und erste Erweiterungen
wurden in einer eingereichten Publikation ”Annotating Medical
Forms using UMLS“ beschrieben. Die Ergebnisse
verdeutlichen die Schwierigkeiten der automatischen Annotation und
die Vielfalt der Arten von Formularen. So werden fu¨r
Formulare bzgl. der Qualita¨tssicherung von medizinischen Gera¨ten
gute Resultate erzielt, wohingegen die Qualita¨t der
Annotationen fu¨r Formulare bzgl. der Ein- und Ausschlusskriterien
von Studien ausbaufa¨hig ist.</p>
      <p>Der Aufbau dieser Arbeit ist wie folgt gegliedert. In
Abschnitt 2 wird das Problem der Annotation von Formularen
formal definiert. Der basale Workflow fu¨r die Identifikation
der Annotationen ist in Abschnitt 3 erla¨utert. In Abschnitt 4
werden die zu realisierenden Erweiterungen fu¨r den
definierten Workflow vorgestellt, um die Qualita¨t der Annotationen
zu verbessern und die Effizienz des Verfahrens zu erho¨hen. In
Abschnitt 5 wird konzeptionell die Architektur eines FMS
fu¨r medizinische Formulare und ihre Annotationen
vorgestellt. In Abschnitt 6 wird die Arbeit zusammengefasst.</p>
    </sec>
    <sec id="sec-2">
      <title>2. PROBLEMDEFINITION</title>
      <p>
        Das Ziel der semi-automatischen Annotation eines
Formulars F ist die Bestimmung eines Annotations-Mappings M
zwischen den Fragen F = {q1, q2, ...qk} des Formulars und
den Konzepten U M LS = {cui1, cui2, ...cuin} des UMLS.
Eine Annotation stellt eine Assoziation zwischen einer
Frage und einem Konzept des UMLS dar, wobei eine Frage mit
mehreren Konzepten annotiert sein kann. Dabei ist ein
Konzept durch einen Concept Unique Identifier CUI eindeutig
identifizierbar und wird durch Attribute wie z.B. einen
Namen oder Synonyme beschrieben. Ein Annotations-Mapping
MF,UMLS ist formal definiert als:
MF,UMLS = {(q, cui, sim)|q ∈ F ∧ cui ∈ U M LS ∧ sim ∈
[
        <xref ref-type="bibr" rid="ref1">0, 1</xref>
        ]}. Dabei ist sim ein numerischer Wert, der die A¨
hnlichkeit zwischen einer Frage q und einem Konzept cui
repra¨sentiert.
      </p>
    </sec>
    <sec id="sec-3">
      <title>3. BASIS-WORKFLOW</title>
      <p>Unser Ansatz fu¨r die Identifikation von Korrespondenzen
basiert auf der Berechnung von Stringa¨hnlichkeitsmaßen
zwischen den Fragen der Items und den Attributen, wie z.B.</p>
      <p>Input
Menge von
Formularen
 1 . .  
UMLS</p>
      <p>Preprocessing
Normalisierung:
POS tagging,
Tokenisierung,
encoding,...</p>
      <p>Mapping
Generation
Matching:
TF-IDF,
Trigram,
LCS …</p>
      <p>Postprocessing
Annotation
Selektion:
Groupbased
filtering,
Threshold,
…</p>
      <p>Output
Menge von
Annotation
-mappings
ℳ 1,</p>
      <p>
        …
ℳ  ,
den Namen und den Synonymen der Konzepte. Der
generelle Workflow fu¨r die automatische Annotation ist in Abb.
2 dargestellt. Die Eingabe ist eine Menge von Formularen
{F1, F2, ..., Fn}, das U M LS und die Ausgabe ist eine
Menge von Annotations-mappings
{MF1,UMLS, MF2,UMLS, ..., MFn,UMLS}. Zu Beginn
werden im Preprocessing Schritt die Fragen bzw. Attribute der
Konzepte normalisiert. Konkret, werden alle nicht
relevanten Wo¨rter entfernt, dazu geho¨ren Pra¨positionen, Verben
und Stoppwo¨rter, die mithilfe eines Part-of-speech Taggers
ermittelt werden. Des Weiteren werden alle Tokens klein
geschrieben. Um eine effiziente Mapping-Generierung zu
ermo¨glichen werden alle Tokens und Trigramme der Attribute
der Fragen eines Formulars bzw. eines Konzepts enkodiert.
Im Schritt Mapping-Generation wird eine Menge von Tupeln
der Form (q, cui, sim) durch den Vergleich der Fragen mit
den Attributen der UMLS Konzepten generiert. Der
Vergleich kann durch verschiedene Match-Verfahren realisiert
werden wie z.B. Trigramm, TF/IDF oder Longest Common
Substring (LCS). Bei einem naiven Ansatz wird das
kartesische Produkt bzgl. der Menge der Fragen und der Menge der
Konzepte berechnet, jedoch kann durch Pruning-Techniken
oder partitionsbasiertes Matching die Anzahl der
durchzufu¨hrenden Vergleiche reduziert werden [
        <xref ref-type="bibr" rid="ref10">10</xref>
        ].
      </p>
      <p>In der Postprocessing Phase wird das Mapping durch die
Anwendung von Aggregations- und Selektionsstrategien
generiert. Im Allgemeinen wird eine Mindesta¨hnlichkeit δ fu¨r
eine Korrespondenz gefordert, damit diese als korrekt
angesehen wird. Da es sich um einen semi-automatischen Prozess
handelt, werden die identifizierten Annotationen durch einen
Experten verifiziert.</p>
    </sec>
    <sec id="sec-4">
      <title>4. ANSÄTZE ZUR ERWEITERUNG</title>
    </sec>
    <sec id="sec-5">
      <title>DES BASIS-WORKFLOWS</title>
      <p>Aufgrund der Besonderheiten bzgl. der Annotation von
Formularen, werden im Folgenden die Schwierigkeiten bzgl. des
Annotationsprozesses beschrieben und mo¨gliche
Lo¨sungsansa¨tze erla¨utert.</p>
      <p>Vorkommen natu¨rlicher Sprache Im Gegensatz zu
Ontologien, bei denen die Attribute der Konzepte in einer
kompakten Repra¨sentation dargestellt sind, entha¨lt eine Frage
einen hohen Anteil an Freitext.</p>
      <p>Ein mo¨glicher Ansatz ist die Identifikation der
Schlu¨sselwo¨rter, die die Frage charakterisieren und ein Konzept des
UMLS darstellen. Aufgrund des Vorkommens von
Synonymen innerhalb einer Frage, die nicht in einem Konzept des
UMLS erfasst sind, ist es nicht mo¨glich durch
Stringa¨hnlichkeiten solche Korrespondenzen zu identifizieren. Ein Ansatz
ist die Verwendung eines Synonymwo¨rterbuchs, das es
erlaubt alle Tokens innerhalb einer Frage und eines Konzepts
durch einen Identifier zu ersetzen. Mithilfe des Identifiers
werden Synonyme als gleich angesehen, obwohl die
String¨ahnlichkeit gering ist. Das Synonymwo¨rterbuch kann
entweder durch externe Web-services generiert werden oder durch
bereits verifizierte Annotationen erstellt werden.</p>
      <p>Komplexe Mappings: Im Gegensatz zu Ontologie-Mappings,
die im Allgemeinen aus 1:1 Korrespondenzen zwischen den
Konzepten bestehen, werden komplexe Fragen in
Formularen durch mehrere Konzepte inhaltlich beschrieben. Um
solche komplexen Korrespondenzen zu identifizieren, sind
die herko¨mmlichen Selektionsstrategien wie z.B. die
Selektion der Korrespondenz mit der maximalen A¨ hnlichkeit oder
Top-k nicht ausreichend. Fu¨r die Bestimmung dieser
Korrespondenzen sind komplexe Selektionsstrategien oder
entsprechende Vorverarbeitungsschritte sinnvoll. Im Folgenden
wird eine Selektionsstrategie und eine mo¨gliche
Vorverarbeitung erla¨utert.</p>
      <p>Bei der komplexen Selektionsstrategie werden die
Korrespondenzen eines berechneten Mappings gefiltert, indem
alle berechneten korrespondierenden Konzepte zu einer
Frage bzgl. ihrer A¨ hnlichkeit gruppiert werden und pro Gruppe
das Konzept als korrekt angesehen wird, welches die ho¨chste
A¨ hnlichkeit sim zu der Frage aufweist. Alle anderen
Konzepte der Gruppe werden aus dem Mapping MF,UMLS entfernt.
Dieser Ansatz ist bereits realisiert und in der eingereichten
Publikation vorgestellt.</p>
      <p>Des Weiteren sind komplexe Korrespondenzen
identifizierbar, wenn die Frage bzgl. ihres Inhalts separiert wird. Eine
Wortgruppe oder Teilmenge der Frage repra¨sentiert dabei
eine semantische Einheit und wird zu einem Konzept
gematcht. Die Identifikation solcher Gruppen ist beispielsweise
durch Named Entity Recognition (NER) Verfahren
realisierbar oder durch eine statistische Erhebung von ha¨ufig
auftretenden Kookkurrenzen innerhalb einer Menge von
Formularen.</p>
      <p>Gro¨ße der Datenquellen Das UMLS umfasst ∼ 2.8 Mio.
Konzepte, wohingegen ein Formular im Schnitt 50 Fragen
entha¨lt. Wenn man 100 Formulare annotiert, bedeutet dies,
dass 14 Milliarden Vergleiche durchzufu¨hren sind. Um einen
effizienten automatischen Annotationsprozess zu realisieren
ist es deshalb notwendig unno¨tige Vergleiche zu vermeiden.
Ein Ansatz zur Reduktion der Vergleiche ist die Verwendung
von Bitlisten. Dabei wird das UMLS in Partitionen
aufgeteilt. Bei der Partitionierung werden alle Konzepte bzgl.
ihres Namens sortiert und einer Partition mit einer fixen
Partitionsgro¨ße (z.B. 100) zugeordnet. Alle Trigramme des
Namens und der Synonyme eines Konzepts werden mittels
einer Hashfunktion h auf eine Bitposition einer Bitliste der
La¨nge l abgebildet. Die Trigramme werden tokenweise fu¨r
das jeweilige Attribut erzeugt. Eine Bitlistenla¨nge l = 27000
ist ausreichend, wenn man ausschließlich kleingeschriebene
Buchstaben beru¨cksichtigt. Alle Bitlisten der Konzepte einer
Partition werden durch die OR-Bitoperation zu einer Bitliste
aggregiert. Die resultierende Bitliste ist ein Repra¨sentant der
jeweiligen Partition. Ein Vergleich zwischen einer Frage und
den Konzepten einer Partition wird durchgefu¨hrt, wenn der
Bitlistenvektor der Frage, der ebenfalls durch die
HashfunkP0 cui1,cui2,cui3 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0
P1 cui4,cui5,cui6 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0</p>
      <p>
        Question q
tion h erstellt wird, eine geforderte relative U¨ berlappung
min overlap[
        <xref ref-type="bibr" rid="ref1">0, 1</xref>
        ] erzielt. Die Berechnung der U¨ berlappung
entspricht der AND-Bitoperation. Die relative U¨ berlappung
rel overlap ist der Quotient aus der Anzahl der U¨
berlappung und der Anzahl der gesetzten Bits der Frage. Somit
wird die Anzahl der Vergleiche fu¨r eine Frage auf die
Anzahl der Konzepte beschra¨nkt, die eine Mindesta¨hnlichkeit
bzgl. der Trigramme aufweisen.
      </p>
      <p>Ein Beispiel ist in Abb. 3 dargestellt, dabei wird die Menge
der Konzepte U M LS example = {cui1, cui2, ...cui6} und
eine Frage q betrachtet. Die gegebene Menge wird auf die
Partitionen P0 und P1 aufgeteilt. Dabei bilden die
Trigramme der Konzepte cui1, cui2 und cui3 mittels einer
Hashfunktion h auf die Bitpositionen 2, 5, 7, 10, 12 ab. Analog
wird der Bitlistenvektor fu¨r die Partition P1 und die Frage
q erstellt. Die relative U¨ berlappung der Bitlisten der Frage
q und der Partition P0 ist 32 und fu¨r P1 31 . Bei einer
geforderten relativen U¨ berlappung min overlap = 0.5 wird der
Vergleich zwischen der Frage und den Konzepten cui4, cui5
und cui6 nicht durchgefu¨hrt, da die relative U¨ berlappung
rel overlap = 13 ist.</p>
      <p>Jedoch ist die Reduktion abha¨ngig von der Effektivita¨t der
Partitionierung, so dass im ungu¨nstigen Fall die Konzepte
aller Partitionen verglichen werden mu¨ssen, wenn die
Bitlisten eine hohe U¨ berlappung untereinander aufweisen.
Aufgrund dessen, ist eine qualitative Partitionierung bzgl. der
A¨ hnlichkeit der Konzepte essentiell. Eine
qualitativhochwertige berechnete Partitionierung ist unabha¨ngig von den zu
annotierenden Formularen, so dass diese fu¨r eine Vielzahl
von Formularen einsetzbar ist.</p>
    </sec>
    <sec id="sec-6">
      <title>5. ARCHITEKTUR EINES FORMULAR</title>
    </sec>
    <sec id="sec-7">
      <title>MANAGEMENT SYSTEMS (FMS)</title>
      <p>Es ist geplant, ein Managementsystem zu realisieren, das
die Formulare, Ontologien und die dazugeho¨rigen
Annotationen verwaltet. Das FMS soll die Mo¨glichkeit bieten
Formulare strukturiert zu suchen, ermittelte Annotationen zu
verifizieren und neue Formulare zu annotieren. Das
Managementsystem soll Wissenschaftlern die Mo¨glichkeit bieten,
effizient Formulare zu analysieren und passende Formulare
wiederzuverwenden. Die Architektur umfasst eine
Datenhaltungsschicht, eine Service-Schicht und eine Frontend-Schicht
in Form einer Webanwendung(siehe Abb. 4).</p>
      <p>Die Datenhaltungsschicht umfasst die Persistierung der
Formulare, Ontologien und der berechneten sowie
vorgeschlagenen Annotationen durch eine relationale Datenbank. Die
Service-Schicht umfasst folgende Module: Import,
Annotating, Search, Clustering und Verification.</p>
      <p>• Import Mithilfe des Import Moduls sollen
Formulare in das Repository eingepflegt werden, so dass eine
effiziente Suche bzw. Annotation mo¨glich ist.
• Annotating Das Annotating-Modul ermo¨glicht die
Annotation der Formulare des Repositories mit
gewa¨hlten Ontologien. Des Weiteren sollen bereits annotierte
Fragen verwendet werden, um unbekannte Fragen zu
annotieren. Diesbezu¨glich ist ein Suchverfahren
innerhalb des Search-Moduls notwendig, welches a¨hnliche
Fragen oder Fragmente zu einer gegebenen Frage bzw.
Fragments identifiziert. Die Annotationen der
identifizierten Fragen sind mit hoher Wahrscheinlichkeit
ebenfalls Annotationen fu¨r die gegebene Frage. Mithilfe der
Wiederverwendung bereits existierender Annotationen
wird der Vergleich mit dem kompletten UMLS
vermieden.
• Search Um eine strukturierte Suche nach a¨hnlichen
Formularen oder Fragen zu ermo¨glichen, umfasst das
Search-modul eine Komponente, die basierend auf den
Annotationen und der Eingabe einer Menge von
Schlu¨sselwo¨rtern eine explorative Suche nach den
gewu¨nschten Formularen bzw. Fragen ermo¨glicht. Des Weiteren
soll dieses Modul eine Komponente umfassen, die eine
effiziente Suche nach a¨hnlichen Fragen ermo¨glicht. Ein
naiver Ansatz wa¨re die Erstellung einer invertierten
Liste bzgl. der Token oder Wortgruppen einer Frage,
um fu¨r eine unbekannte Frage, die a¨hnlichsten Fragen
zu ermitteln.
• Clustering Des Weiteren kann die Effizienz der
Suche durch eine Clusterung der Formulare bzw.
Fragen erho¨ht werden. In diesem Modul sollen
ClusteringVerfahren bereitgestellt werden, die basierend auf den
Annotationen eine Gruppierung der Formulare und
Fragen ermo¨glichen.
• Verification Da ein automatisches Verfahren keine
vollsta¨ndige Korrektheit gewa¨hrleisten kann, soll
dieses Modul die Bewertung von Experten in den
Qualita¨tssicherungsprozess bzgl. der Annotationen mit
einbeziehen. Ein Experte soll in der Lage sein
berechnete Annotationen zu bewerten oder zu erga¨nzen. Somit
soll eine stetige Verbesserung der Qualita¨t der
Annotationen im System erzielt werden. Des Weiteren soll
mithilfe der verifizierten Annotationen die
Effektivita¨t und Effizienz des Annotationsprozesses mittels der
Wiederverwendung erho¨ht werden.</p>
      <p>
        Die Frontend-Schicht wird durch eine Webanwendung
repra¨sentiert, so dass der Anwender die Mo¨glichkeit hat neue
Formulare zu importieren, a¨hnliche Formulare oder
Teilfragmente mithilfe einer explorativen Suchfunktion zu ermitteln.
Der Anwender soll durch die Eingabe eines Suchterms die
Mo¨glichkeit haben, die Menge der Formulare mittels der
Annotationen weiter einzugrenzen. Ein Ansatz fu¨r eine
explorative Suche mittels einer Tag-Cloud ist in eTACTS [
        <xref ref-type="bibr" rid="ref9">9</xref>
        ]
realisiert. Des Weiteren soll eine Sicht fu¨r die Verifikation
      </p>
      <p>Form view</p>
      <p>Annotation
view</p>
      <p>Verification
view</p>
      <p>Import view
Annotating</p>
      <p>Search</p>
      <p>Verification</p>
      <p>Import
Frontend
Explorative
search view</p>
      <p>API- Call
Services
Clustering</p>
      <p>SQL</p>
      <p>Form -Repository
Forms</p>
      <p>Ontologies</p>
      <p>Annotations</p>
    </sec>
    <sec id="sec-8">
      <title>6. ZUSAMMENFASSUNG</title>
      <p>Annotationen sind fu¨r die Beschreibung und einheitliche
Repra¨sentation von Formularen essentiell. Durch die
Verwendung von Annotationen wird der Datenaustausch, die
Integration von Daten der zugrundeliegenden Formulare und die
Suche vereinfacht. Um einen effektiven und effizienten
Annotationsprozess zu realisieren, sind die bisherigen Methoden
des Ontologie-Matching nicht ausreichend. In dieser Arbeit
wurde der generelle Workflow fu¨r die semi-automatische
Annotation vorgestellt sowie Lo¨sungsansa¨tze pra¨sentiert, die
die Besonderheiten der Annotation von Formularen
behandeln. Um den Nutzen der Allgemeinheit zur Verfu¨gung zu
stellen, wurde konzeptionell die Architektur eines
Formular Management Systems dargestellt, welches die
Mo¨glichkeit bietet neben der Annotation, Formulare oder Fragen
basierend auf den Annotationen zu suchen oder zu
analysieren. Aufgrund des automatischen Annotationprozesses soll
im Gegensatz zur MDM-Plattform die Vielzahl der
Formulare annotiert sein. Da jedoch ein automatisches Verfahren
keine vollsta¨ndige Korrektheit gewa¨hrleisten kann, soll
mithilfe einer Verification-Komponente ein Expertenkonsortium
fu¨r die Verifikation mit einbezogen werden.</p>
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