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|title=Intégration des données de prescription dans un entrepôt de données biomédicales
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==Intégration des données de prescription dans un entrepôt de données biomédicales==
https://ceur-ws.org/Vol-1379/paper-06.pdf
Intégration des données de prescription dans un entrepôt de
données biomédicales
Integration of prescription data in a clinical data warehouse
Kevin Dalleau1 Denis Delamarre1,2
Thibault Ledieu1,2 Marc Cuggia1,2
1
Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI) INSERM : U1099 – Université de
Rennes 1
2
CHU Rennes, Pôle Pharmacologie et Investigation cliniques, Unité « Fouille de données »,
F35033 Rennes, France
Résumé
L’intégration de données relatives au médicament au sein d’un entrepôt de données
biomédicales et leur réutilisation est d’une importance majeure, les prescriptions étant au centre
de la prise en charge du patient au cours de séjour. En utilisant une base de données
médicamenteuse indépendante, Thériaque, et une définition standardisée des prescriptions et
plus généralement du circuit de médicament, la CIOsp (Classification InterOpérable des
spécialités), nous avons implémenté une nouvelle facette a notre moteur de recherche, Roogle.
Nous avons permis à l’utilisateur de rechercher la prescription d’un médicament, soit via la
sélection de code ATC, soit directement via l’utilisation d’un formulaire de recherche avec
autocomplétion et gestion des doublons. Bien que beaucoup de travail reste à faire, ces
développements ouvrent la voie à une toute nouvelle manière de constituer des cohortes en vue
de réaliser des essais cliniques, ou encore de trouver de potentiels effets indésirables liés à une
molécule.
Abstract
Integration of drugs-related data into a clinical data warehouse and its good use is a key issue,
prescriptions being at the center of patient care in a hospital. Using an independent drug-
database, Thériaque, and a standardized definition of prescriptions and medications - the CIO
(InterOperable Classification), we were able to implement a brand new facet to Roogle, our
search engine. We enabled the user to search for a drug prescription either by selecting
corresponding ATC codes, or directly with a search form including autocompletion and
duplicates management. Althought a lot of work is still to be done, these developments pave the
way to whole new ways to create cohorts of patients for clinical studies, or to find potential
adverse effects related to a specific drug.
Mots-clés : Informatique médicale ; Conférence ; Entrepôt de données ; Médicaments ;
Prescription : Big data
Keywords: Medical Informatics ; Conference ; Data Warehouse ; Drugs, Prescriptions ; Big
Articles longs des 15es Journées francophones d’informatique médicale, JFIM 2014, pages 59–70
Fès, Maroc, 12–13 juin 2014
data
1 Introduction
Le domaine médical connait à l’heure actuelle une massification des données en santé (notion
de Big Data)[1]. Ce gisement de données peut être réutilisé pour soutenir la recherche. Dans ce
but, les établissements, en particulier les CHU, sont en train de se doter d’entrepôts de données
biomédicales, dont l’objectif est d’intégrer et d’exploiter les données issues du système
d’information hospitalier dans un objectif d’interrogation populationnelle. Parmi les données
importantes exploitées dans ces entrepôts, celles concernant le médicament représentent
plusieurs défis tant sur les plans de leur intégration que de leur exploitation.
Premier défi: gérer l’hétérogénéité des sources contenant des informations sur le traitement des
patients. En effet, dans un SIH, ces informations peuvent être contenues dans des documents
textuels (compte rendus d’hospitalisation, courriers), mais aussi dans des documents structurés,
depuis les modules de prescriptions des DPI où cette information est le plus souvent codée
selon une norme sémantique, ou encore dans des formulaires structurés de dossiers de
spécialité. Il s’agit donc de pouvoir intégrer ces données hétérogènes dans un même entrepôt de
données, et de permettre leur exploitation.
Deuxième défi: valoriser l’exploitation sémantique de ces données hétérogènes. Pour cela,
l’interrogation des données sur le médicament doit s’appuyer sur un modèle de représentation
sémantiquement riche, qui permette par exemple de rechercher des patients ayant pour
traitement une classe médicamenteuse spécifique (par exemple, les patients sous
fluoroquinolone), ou ayant un traitement indiqué dans une pathologie particulière (les patients
ayant un médicament indiqué dans la chimiothérapie du sein, par exemple).
Pour cela, l’utilisation d’une base de connaissance sur le médicament devient incontournable.
Le travail présenté ici vise à exposer l’approche d’intégration et de recherche d’information
concernant le médicament au sein de l’entrepôt de données biomédicales du CHU de Rennes
(système Roogle).
2 État de l'art
À l’heure actuelle, le projet le plus avancé dans l’interrogation et l’exploitation d’entrepôts de
données biomédicales est celui porté par le National Institude of Health (NIH) : I2B2
(Informatics for Integrating Biology and the Bedside). Il s’agit d’une plateforme open source
dont l’objet est l’exploitation de données stockées au sein d’entrepôts de données biomédicales,
initialement sur des données de génétique [2, p. 2].
I2B2 permet d’effectuer des recherches sur le médicament, et ce sous de nombreux angles
(voie, spécialité commerciale, dose, etc.).
Cependant :
• I2B2 se base sur des données, référentiels et thésaurus propres aux Etats-Unis
(RxNorm, nom de spécialités spécifiques), le rendant peu utilisable en France
• Les flux PN13 [PréNorme 13, majoritaires en France] ne sont pas pris en charge par la
solution
Nous proposons, par l’ajout de cette fonctionnalité à Roogle, une exploitation des données liées
60
au médicament se basant sur un standard d’interopérabilité vivant et largement adopté en
France, le standard PN13 – SIPH2, et s’appuyant sur une base de connaissances
médicamenteuse puissante et exhaustive, Thériaque.
3 Matériel et méthodes
3.1 Matériel
3.1.1 Roogle
Projet débuté au sein de CHU de Rennes en 2007, Roogle était à ses débuts un système de
recherche d’information au sein du dossier d’imagerie médicale, gérant à la fois la recherche
sur des données structurées et sur des données plein-texte[3].
L’outil s’est au fil des années enrichi de nombreux autres flux, tels que les comptes-rendus
hospitaliers, les actes réalisés, les comptes-rendus d’anatomopathologie, etc. Les champs
d’applications sont nombreux, allant de la constitution de cohorte pour des fins de recherche à
l'évaluation des pratiques professionnelles, en passant par la recherche de cas spécifiques.
À ce jour, le système exploité à Rennes contient plus d’un million de patients et près de 15
millions de documents.
3.1.2 Base Thériaque
Editée par le Centre National Hospitalier d'Information sur le médicament (CNHIM),
Thériaque constitue l'une des plus grandes bases de données médicamenteuses en France. Elle
regroupe de manière exhaustive toutes les informations sur les médicaments commercialisés en
France, en puisant l'information de sources officielles (agence du médicament, journaux
officiels, avis de la HAS, etc.), complétées d'informations issues d'ouvrages de référence. [4]
Ces données sont très structurées, permettant leur exploitation et leur intégration dans des
applications tierces. Celles-ci sont par ailleurs mises à jour quotidiennement.
La base nous est fournie par le CNHIM sous de nombreux formats. L'utilisation des
informations qu'elle contient permet de répondre à de nombreuses questions concernant les
médicaments, allant de leur code ATC à leurs indications.
L'interopérabilité est assurée via l'intégration des fichiers UCD. Fournis par le CIP (Club Inter
Pharmaceutique), le code UCD est un code numérique à 7 chiffres, correspondant à la plus
petite unité de dispensation (gélule, comprimé, etc.).
3.1.3 Le standard PN13 – SIPH2
Il s'agit d'un modèle du circuit du médicament, partagé par les différentes applications du
système d'information du circuit, qui définit les flux d'informations à émettre à chaque
transmission. Le standard est constitué de 3 éléments indissociables :
• Le référentiel d'architecture technique, dont l'objectif est de décrire les messages qui
transitent entre les systèmes : messages de prescriptions, de dispensation nominative,
etc.
61
• Le référentiel des nomenclatures, contenant l'ensemble des nomenclatures permettant
de coder les attributs des éléments définis dans le référentiel d'architecture technique.
• La Classification InterOpérable des spécialités (CIOsp), composée d'un noyau
contenant les informations de base (code UCD, nom commercial, classe ATC, etc.), et
de composants additionnels.
Le standard garantit l'interopérabilité, permettant aux applications l'utilisant de communiquer et
de se comprendre.
La distribution consiste en une archive contenant toutes les données de la CIOsp sous forme de
fichiers texte, chaque fichier correspondant à une table du modèle physique de données.
3.1.4 Données de prescription issues de DxCare
Le CHU de Rennes a choisi DxCare ® (Medasys) comme solution au sein de son système
d'information. Elle permet, via l'existence de plusieurs modules, de gérer de nombreux aspects
du fonctionnement hospitalier : mouvement, séjour, dossier médical, planification des rendez-
vous, prescriptions, etc.
DxCare ® est "CIO-inside", tout comme de nombreuses autres solutions du marché (Pharma ®,
Génois ®, etc.). Ainsi, l'ensemble des prescriptions réalisées au sein de l'établissement transite
au format PN13. L'architecture d’un élément de prescription dans ce format est présenté figure
1.
62
Figure 1 : Architecture d'un élément de prescription au format PN13
3.2 Méthodes
3.2.1 Cas d’usages adressés
L'intégration des prescriptions, et, plus largement, des médicaments à l'entrepôt de données
répond à une demande croissante de la part des professionnels, dans plusieurs domaines
(recherche clinique, épidémiologie, professionnels de la pharmacovigilance, etc.).
Afin d’identifier les besoins et la méthode d’intégration et de recherche d’information sur ce
domaine, nous définissons les cas d’usages de Roogle suivants.
• Constitution de cohorte :
63
La recherche de patients ayant reçu un ou plusieurs traitement(s) spécifique(s) est l'un des
éléments clés de la constitution de cohorte. L'intégration de la temporalité, rendue possible
grâce à la haute structuration des flux de prescriptions, est par ailleurs un besoin très fort afin
de mener de la manière la plus fine possible cette tâche, et de se rapprocher des contraintes du
screening.
• Etude de faisabilité
Sur le même principe que la constitution d’une cohorte de patients, il est possible qu’un
promoteur, industriel ou institutionnel, utilise Roogle pour déterminer les capacités d’inclusion
de son site et d’un site investigateur. Contrairement à la phase de screening, les résultats de la
requête ne porteront pas sur les informations individuelles de chaque patient mais sur les
statistiques du site.
• Suivi des protocoles
Les protocoles ayant souvent des critères stricts devant être respectés, rendre possible la
visualisation des différents évènements ayant eu lieu au cours de leur déroulement, notamment
au niveau de la prise de médicaments, est aussi l'un des cas d'usage retenus.
• Recherche de potentiels effets indésirables
La prise en charge du médicament au sein de l'entrepôt de données permettra, en les croisant
avec les données déjà présentes en son sein (courriers de sorties, résultats de laboratoire, etc.),
de rechercher d'éventuels évènements consécutifs à la prise d'un médicament, et ce sur de
grandes quantités de données.
3.2.2 Intégration
L'un des principes clés de Roogle est de conserver une structure de document la plus proche
possible du document d'origine. Il s’agit de permettre à l’utilisateur qui fait une requête sur une
information précise (la prescrition d’un médicament par exemple) de retrouver lors de
l’affichage des résultats le contexte dans lequel a été prescrit le médicament (en l’occurrence
l’ordonnance). La conservation du document le plus proche du format natif dans l’entrepôt de
données est aussi un moyen d’assurer la meilleure intégrité de l’information, au cas où celle-ci
deviendrait opposable. C’est pour cette raison que les données de prescription sont intégrées au
format natif PN13 dans l'une des tables, contenant déjà les autres documents précédemment
intégrés à l'entrepôt (compte-rendus, etc.).
Afin de tirer parti au maximum du fait que les flux de prescriptions soient structurés, les
données sont par ailleurs stockées dans une autre table dédiée, où cette fois ci chaque ligne
correspond à une ligne de la prescription. Cette méthode permet de conserver la plus fine
granularité, chaque ligne étant indépendante, et pouvant être retrouvée via ses différents
éléments. De plus, cette deuxième intégration permet de faciliter une éventuelle agrégation
future des résultats. Plusieurs lignes de cette table peuvent donc correspondre à une seule et
même prescription, stockée entièrement dans la première table.
L'ensemble de la base de données médicamenteuse Thériaque est par ailleurs intégrée, afin
qu’elle puisse être utilisée comme base de connaissance pour la construction de requêtes
sémantiquement riches.
64
Pour illustrer l’utilisation de la base Thériaque au sein de Roogle, nous avons développé un
script permettant de charger la classification ATC, à partir de la base Thériaque, dans une table
dédiée aux Thésaurus. Ce modèle de représentation sous forme de chemin parcourant un arbre
hiérarchique a déjà été utilisé pour l’exploitation d’autres données structurées qui utilisent des
terminologies dédiées (comme la CIM-10 pour les diagnostics, et la CCAM pour les actes
médicaux et chirurgicaux).
La dernière distribution en date de la CIOsp a enfin été intégrée, afin de pouvoir assurer le la
bonne marche de fonctions spécifiques de décodage des documents au format PN13.
3.2.3 Recherche d’information et visualisation
La problématique de visualisation des données lors d'une recherche d'information est double :
• l’utilisateur doit pouvoir construire sa requête de façon intuitive et exhaustive,
• la visualisation des résultats doit permettre à l'utilisateur d'extraire l'information de
façon simple et non ambigüe.
Le constructeur de requêtes de Roogle propose actuellement à l'utilisateur 2 types de
recherche :
• Les recherches sur les informations structurées comme les données issues du PMSI,
• Les recherches plein texte (full-text) portant sur toutes les informations du Dossier
Patient Informatisé, que cette information soit structurée ou non.
Dans le cas particulier de la recherche sur des prescriptions, l'utilisateur s'orientera plus
généralement vers une recherche sur des données structurées afin de profiter de la structuration
des données des flux de prescriptions. Le formulaire de recherche dans les données structurées
préexistant sera donc augmenté de la classification ATC, afin de pouvoir y effectuer des
recherches simplement. La recherche de prescription peut également se faire en plein texte sur
les courriers médicaux comme sur les flux de prescriptions.
Le pivot de toute recherche est le code UCD. Ce code, assurant l'interopérabilité au sein de tous
les systèmes partageants les informations sur le médicament, permet à notre système de
rechercher directement au sein des documents de prescriptions, au sein desquels chaque ligne
est identifiée par son code UCD et son code ATC.
La CIOsp est enfin très largement utilisée afin de traduire en clair les informations présentes au
sein des documents. En effet, de nombreux éléments sont codifiés (type de substance, voie,
forme, etc.), et il est nécessaire de les convertir en langage humain afin de simplifier la lecture.
Des fonctions se chargeant du décodage sont donc utilisées, s'appuyant directement sur la
distribution la plus à jour.
65
4 Résultats
4.1 Recherche et visualisation
4.1.1 Recherche via code ATC
L'intégration de la classification ATC au thésaurus permet de naviguer dans les branches de la
classification, notamment dans le cadre de la recherche et de la sélection de substances, comme
vu figure 2.
Devant chaque nœud de l’arborescence figure le nombre de patients ayant une prescription d’un
médicament appartenant à ce nœud. L’utilisateur peut choisir un nœud comme critère de
sélection (critère d’inclusion ou d’exclusion) et les combiner à d’autres critères.
Figure 2 : Recherche et inclusion de médicaments par navigation dans la classification ATC
Le formulaire de recherche est composé :
• D'un arbre de concepts où chaque embranchement représente une sous-catégorie de
l'ATC. Cet arbre peut être exploré manuellement par l'intermédiaire d'un menu
dépliable.
• D'un champ texte permettant de filtrer les différents concepts présents dans les
thésaurus intégrés, et de retourner uniquement ceux qui contiennent des patients,
comme le montre la figure 3.
66
Figure 3 : Recherche de code par un moteur de recherche terminologique dans tous les
thésaurus indexés.
4.1.2 Recherche via UCD
Roogle permet également de rechercher un médicament directement par son code UCD, comme
le montre la figure suivante.
Figure 4 : Recherche via un code UCD. Ici, il est retourné la Thiamine, l'UCD recherché
correspondant à celle d'une unité de dispensation de Bevitine®
4.1.3 Recherche par substance active
Une autre voie de recherche est explorée, permettant une recherche plus spécifique au
médicament (figure 5).
67
Figure 5 : Recherche de spécialités par entrée de substances actives
Ce mode de recherche gère l'autocomplétion, et permet une gestion des doublons. Des
fonctionnalités supplémentaires telles que la recherche ou non de spécialités n'étant plus
commercialisées sont par ailleurs implémentées.
L’affichage des spécialités correspondantes se fait à la volée dans un bloc de droite, permettant
à l’utilisateur de vérifier les résultats correspondant à sa sélection, et éventuellement à exclure
certaines spécialités renvoyées (figure 6).
Figure 6 : Ajout de substance active à la recherche. Si une même substance est sélectionnée
plusieurs fois, les blocs fusionnent afin d'éviter les doublons. Une fois le terme ajouté, les
spécialités correspondantes s'affichent dans un bloc dédié.
Les médicaments inclus dans la recherche sont in fine convertis en code UCD pour recherche.
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La liste de l'ensemble des patients possédant un ou plusieurs documents contenant les termes
recherchés sont retournés. L'affichage pourra se faire soit par prescription unique, soit par
prescription agrégée sur l'ensemble du séjour du patient, par UF (unité fonctionnelle). Un
exemple de résultats d’une recherche, avec affichage par prescription unique est présenté figure
7.
Figure 7 : Affichage des résultats d'une recherche (ici, sur « Thiamine »). Notons qu’il s’agit
ici d’une prescription anonymisée.
5 Discussion
L’intégration et l’exploitation des données de prescription restent complexes. Ces données sont
présentes dans le système d’information de façon hétérogène. L’exploitation des données
structurées suppose l’utilisation d’un référentiel à la fois stable et mis à jour très régulièrement.
Le choix de la CIOsp, lié intrinsèquement au format de flux PN13, nous permet d’avoir un
système continuellement à jour et en parfaite adéquation avec le contenu des documents
intégrés dans Roogle.
Actuellement, ce référentiel est proposé par PHAST sous la forme de fichier texte. Dans notre
expérimentation, ce fichier a été parsé pour être intégré dans Roogle. L’évolution vers une
approche webservice, comme le développe actuellement thériaque pour sa base, permettrait une
mise à jour de ce référentiel plus efficiente.
L’intégration de données de prescription au format PN13 a été aisée. Ce format n’étant pas
facilement lisible par un humain, nous avons développé un parseur permettant de visualiser les
prescriptions de façon similaire à la façon dont elles étaient représentées dans le DPI DxCare.
Nous prévoyons d’intégrer également les données d’administration des médicaments, toujours
au format PN13. Dans ce cas, la visualisation de ces informations sera plus complexe
69
puisqu’elle nécessitera de reconstituer l’équivalent d’une pancarte dans l’interface de Roogle.
L’intégration de la base Thériaque nous permet d’envisager l’exploitation des relations
contenues dans la base. Dans notre système, Thériaque n’est pas utilisé comme composant
d’intégration des données sources (pour cela, nous utilisons la CIOsp), mais comme une base
de connaissance, utilisée pour la construction des requêtes et l’annotation de résultats.
Thériaque met à présent à disposition sa base sous forme de webservice. Nous étudions
actuellement cette voie comme modèle de couplage entre Roogle et Thériaque, dont l’intérêt
serait d’avoir un entrepôt de données exploitable à l’aide de connaissance sur le médicament à
jour.
6 Conclusion
L'intégration des flux liés aux médicaments dans l'entrepôt de données ouvre le champ des
possibles quant à ses utilisations, et apporte un outil supplémentaire aux différents métiers,
notamment aux professionnels de la recherche clinique pour les études de faisabilité ainsi que
pour la constitution de cohorte.
De nombreuses améliorations restent cependant à apporter, notamment au niveau performance
et interface utilisateur. Il est enfin possible d'imaginer d'autres utilisations encore plus évoluées
des données de prescriptions : recherche des coordonnées de patients en cas de rappels de lots,
autocomplétion des e-CRF via un plugin connecté à Roogle, etc. Une évaluation de l’outil est
prévue.
Remerciements
Nous remercions
- PHAST, pour nous avoir transmis la dernière distribution à jour,
- La CNHIM, pour nous avoir permis d’accéder à l’ensemble de la base Thériaque
Références
[1] F. F. Costa, « Big data in biomedicine », Drug Discov. Today.
[2] S. N. Murphy, M. E. Mendis, D. A. Berkowitz, I. Kohane, et H. C. Chueh,
« Integration of Clinical and Genetic Data in the i2b2 Architecture », AMIA. Annu. Symp. Proc.,
vol. 2006, p. 1040, 2006.
[3] M. Cuggia, N. Garcelon, B. Campillo-Gimenez, T. Bernicot, J.-F. Laurent, E. Garin,
A. Happe, et R. Duvauferrier, « Roogle: an information retrieval engine for clinical data
warehouse », Stud Health Technol Inf., vol. 169, p. 584–588, 2011.
[4] M.-C. Husson, « Thériaque® : base de données indépendante sur le médicament, outil
de bon usage pour les professionnels de santé », Ann. Pharm. Fr., vol. 66, no 5‑6, p. 268‑277,
nov. 2008.
Adresse de correspondance
Dalleau Kevin, Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI) INSERM : U1099 –
Université de Rennes 1, 2 avenue du Professeur Léon Bernard. 35043 Rennes
kevin.dalleau@gmail.com
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