=Paper=
{{Paper
|id=Vol-1482/552
|storemode=property
|title=Зависимость свободной энергии обратных мицелл от их размера: молекулярно-динамическое моделирование на суперкомпьютере "Ломоносов"
(The dependence of reverse micelles free energy from their size: a molecular dynamics simulation at "Lomonosov")
|pdfUrl=https://ceur-ws.org/Vol-1482/552.pdf
|volume=Vol-1482
}}
==Зависимость свободной энергии обратных мицелл от их размера: молекулярно-динамическое моделирование на суперкомпьютере "Ломоносов"
(The dependence of reverse micelles free energy from their size: a molecular dynamics simulation at "Lomonosov")==
<pdf width="1500px">https://ceur-ws.org/Vol-1482/552.pdf</pdf>
<pre>
          Суперкомпьютерные дни в России 2015 // Russian Supercomputing Days 2015 // RussianSCDays.org


  Зависимость свободной энергии обратных мицелл
     от их размера: молекулярно-динамическое
 моделирование на суперкомпьютере «Ломоносов» \ast 
                             А.В. Невидимов, С.А. Товстун, В.Ф. Разумов
                             Институт проблем химической физики РАН

    Одним из важных практически значимых примеров нанодисперсных жидких систем
являются растворы обратных микроэмульсий. Обратные микроэмульсии представляют со-
бой термодинамически стабильные жидкости, структура которых может быть представлена
как совокупность диспергированных в неполярном растворителе (масле) обратных мицелл
(ОМ) — наноразмерных капель воды, покрытых монослоем поверхностно-активного веще-
ства (ПАВ). Качественно объяснить формирование ОМ можно следующим образом. Моле-
кула ПАВ имеет полярную и неполярную части, поэтому ей энергетически выгодно распо-
лагаться на границе вода/масло. При этом количество воды в системе определяет общий
объём дисперсной фазы, а количество ПАВ — общую площадь межфазной поверхности.
Зависимость свободной энергии системы (\sigma ) от радиуса кривизны межфазной поверхности
(r) определяет форму и размер конечных объектов. При некоторых условиях этими объ-
ектами являются ОМ. Наша работа направлена на изучение упомянутой зависимости. Для
этого мы планируем использовать обобщённую формулу Лапласа для разности давлений
внутри и снаружи ОМ (\Delta P ):

                                                2\sigma  d\sigma 
                                                \Delta P =
                                                        +
                                                 r        dr
    Зависимость \Delta P (r) предполагается получить в результате обработки данных модели-
рования методом молекулярной динамики ОМ разного радиуса. Для этого будет проведено
измерение среднего удельного объёма молекулы воды в заданном малом элементе простран-
ства вокруг интересующей точки. Этот объём относительно просто считается из временных
траекторий атомов, получающихся в результате моделирования: достаточно усреднить ко-
личество принадлежащих воде атомов, попавших в заданный элемент объёма. Имея удель-
ные объёмы воды в заданной точке мицеллы и в объёме обычной воды, а также зная её
сжимаемость, можно вычислить интересующее нас давление. Для достижения достаточной
точности требуются довольно длинные траектории (более 20 нс), записанные с мелким вре-
менным шагом и требующие десятки гигабайт на жёстком диске. Общее число атомов в
системах исчисляется сотнями тысяч. Для всех МД расчётов и последующех вычислений
давления был выбран суперкомпьютер «Ломоносов» [1]. На данном этапе мы провели рас-
чёты для обратной мицеллы Аэрозоля ОТ одного радиуса и вычислили для неё искомую
разность давлений. В настоящее время мы проводим моделирование ОМ других радиусов.
Для всех МД расчётов используем программный пакет NAMD [2], для вычисления давления
по вышеописанной схеме — собственные параллельные программы.

Литература
 1. Воеводин Вл. В. и др. Практика суперкомпьютера "Ломоносов"// Открытые системы.
    — Москва: Издательский дом "Открытые системы N 7, 2012. С. 36–39.

 2. Phillips J.C. et all Molecular dynamics with NAMD // J. Comput. Chem. 2005. Vol. 26.
    N. 16. P. 1781–1802.

  \ast 
          Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (проект № 13-03-00681)


                                                         552
   Суперкомпьютерные дни в России 2015 // Russian Supercomputing Days 2015 // RussianSCDays.org


The dependence of reverse micelles free energy from their size: a
molecular dynamics simulation at “Lomonosov”
Alexander Nevidimov, Sergey Tovstun and Vladimir Razumov
Keywords: Molecular dynamics, reverse micelle, free energy, pressure
Molecular dynamics simulation of pressure into reverse micelles was conducted in our work.
All calculations was carried out at "Lomonosov" supercomputer center. Free energy
calculations we are going to provide by Laplace formula.

</pre>