1 Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской акадМемосикива,наук, г. Россия 2 Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Рг.оссМиоясква,

Abstract

Поиск высококонсервативных элементов (ВКЭ) относится к классу трудных вычислительных задач. Для её решения используется оригинальный алгоритм, предложенный авторами. Tезисы представляют работу по поиску ВКЭ в геномах животных, включая относящихся к рано отделившимся ветвям дерева видов. А именно, оригинальным алгоритмом построены высококонсервативные элементы у Homo sapiens, Drosophila melanogaster, Helobdella robusta, Schistosoma mansoni, Nematostella vectensis, Mnemiopsis leidyi, Trichoplax adhaerens, Amphimedon queenslandica, Capsaspora owczarzaki, Monosiga brevicollis, Salpingoeca rosetta. Методом максимального правдоподобия выполнен анализ их сходства; полученные группировки видов устойчиво воспроизводятся на деревьях высококонсервативных элементов. Один из найденных элементов представлен только у Schistosoma mansoni, Mnemiopsis leidyi, Trichoplax adhaerens (образующих «SMT-группу»); это консервативный домен фермента поли(АДФ-рибоза)-гликогидролазы, который участвует в снабжении энергией сложной системы пространственной модификации хроматина в ядре. Этот элемент служит примером сохранения определённого участка ДНК в геномах, которые подвергаются деминуции генетического материала в ходе онтогенеза. Напротив, семь элементов присутствуют у всех Metazoa, кроме SMT-группы; они позиционно связаны с генами, которые кодируют следующие белки: АТФ-зависимая хеликаза, валил-тРНКсинтетаза, химерный белок, составленный из убиквитина и 60S-рибосомного белка L40, тяжёлая цепь миозина, АМФ-дезаминаза, 8-й фактор сплайсинга пре-мРНК, фактор элонгации 2 - элементы систем белкового синтеза и кислородного дыхания в мышечной ткани. Исследование высококонсервативных элементов может быть полезно для определения филогенетического положения рано отделившихся видов животных; для определения уникальных элементов, характерных для каждой из таксономических групп; в качестве маркера деминуции генетического материала; и т.д.

-

FINDING LONG HIGHLY CONSERVED ELEMENTS IN COMPLETE ANIMAL GENOMES

Finding highly conserved elements (HCE) is a sophisticated computational problem. The authors proposed and used an original solving algorithm. This approach was applied to compete animal genomes, including early diverging animal lineages and choanoflagellates as the outgroup: Homo sapiens, Drosophila melanogaster, Helobdella robusta, Schistosoma mansoni, Nematostella vectensis, Mnemiopsis leidyi, Trichoplax adhaerens, Amphimedon queenslandica, Capsaspora owczarzaki, Monosiga brevicollis, Salpingoeca rosetta. Maximum likelihood was applied to define HCE similarity, and the identified clusters robustly reproduced on HCE phylogenetic trees. One unique HCE was found rather unexpectedly only in Schistosoma mansoni, Mnemiopsis leidyi and Trichoplax adhaerens (named the “SMT group”), which represents a conserved domain of the putative protein poly(ADPribose) glycohydrolase involved in energy transport during complex spatial chromatin modifications in the nucleus. This observation may witness events of retaining functional genes in smaller genomes of not closely related lineages that probably undergo chromatin diminution during lifetime. On the other hand, only 7 HCEs avoid the SMT group but are present in all other studied metazoans. Those are positionally related to genes encoding an ATP-dependent helicase, valyl-tRNA synthetase, chimeric ubiquitin – 60S ribosomal protein L40, myosin heavy chain, AMP deaminase, pre-mRNAprocessing splicing factor 8, elongation factor 2, and represent elements of the protein synthesis and oxygen electron transport in muscles. Research on HCEs may have important implications for phylogenomic studies, identification of genetic functions marking particular lineages, predictions of certain chromatin modification processes, and in other fields.

Animals; positions of the early branched animal species; highly conserved elements; phylogenetic tree of highly conserved elements; unique highly conserved elements. Введение пищи, например, бактериаль-вноодорослевых матов осуществляется его вентральным эпителием в основном вне организма. Всё это свидетельствует о крайней приTмriиchтиopвlнaоxс.тиВ то же время в ядерном геномеTrichoplax обнаружены гены, кодирующие белки, характерные для высших животных, включая те, которые необходимы для развития и работы нервной системы. TНriаcпhoрpиlмaxерн,е хотя обладает билатеральной симметрией, в еогмое гпернисутствуют гомеобоксные гены ParaHox, Forkhead, Brachyury и Sox; и гены, кодирующие белки сигнальных путей BMP/TGF и Wnt, которые в определения осей тела в ходе развития била-стиемрамлеьтнроичного организма ,[121]. БелкTиFG и Wnt найдены также у гуAбmкиphimedon queenslandica [ 13 ]. С другой стороны, митохондриальная ДНК у Trichoplax отличается от таковой у других животных и соответствует базальной (самой отделившейся) евтви на дереве митохондрий животн]ы.х Та[к1и4м образом, вопрос о происхождении Trichoplax является весьма трудным. Отметим, что значительное упрощение морфологии организма ходе эволюции описано, например, у животных Dicyethmoindeactidиa [1O5r, 16].

Тип Пластинчатых (Placozoa) включает большое число видов, имеющих сходное ], стмрыоение [17 рассматриваем Trichoplax adhaerens как единственный представленйны вGenBank на геномном уровне. Вместе сTrichoplax мы рассматриваем геномы билатера-лсьинмометричных животныхHomo sapiens, Drosophila melanogaster, Helobdella robusta и Schistosoma mansoni и рано отделившихся виAдmоpвhimedon queenslandica (губка), Mnemiopsis leidyi (гребневик) иNematostella vectensis (актиния). А также в качестве предполагаемой внешней групп–ытри вида одноклеточных филастерCиaюpsaspora owczarzaki и хоанофлагеллатов Monosiga brevicollis и Salpingoeca rosetta. Отметим, что эти три – бвлиидзакие родственники животных, а воротничковые жгутиконMосoцnыosiga( и Salpingoeca) – сестринская группа животных [ 1 ]8. Результаты

Алгоритм и поиск плотных подграфов. Для получения ВКЭ использовался алгоритм] сиз [2 параметрами, которые приблизительно можно описать какD дочпиусслтоимых делеций в участках и минимальная длинlаучастков, принадлежащих одному ВКЭ. Более подробное описание алгоритма и параметров можно найти ].в А[л2горитм преинмялся к 11 видам эукариот, которые перечислены выше (и также в разделе «Материалы и методы»). ДлDяразвннаычхени0й, 1, 3, а з нlамчеенняиюйщихся от 60 до 80 с шагом 5, алгоритмом найдены от 911 до 2254 ВКЭ, [ 19 ]. Подробное опис-азнаие найден его объёма приведено в электронной форме-,стрнааницвееб [ 19 ]. Формат этой страницы описан в разделе Материалы и Методы.

Представление деревом распределения ВКЭ по видам животных. По бинарной матрице, элементы которой указывают на представленность доаннВоКгЭ в данном геноме (элементы м–атрицы соответственно равны 1 и 0), методом максимального правдоподобия строилось дерево ВКЭ, к таким образом, зависит от значений параDмиетl.роЭвти деревья ВКЭ приведены-стнраанивцееб [ 19 ]. В результате все полученные деревья ВКЭ оказались похожими. А именно, в них просCтеaйpsшaиspеora, Monosiga и Salpingoeca образуют кладу; ближайшим сосеTдrоicмhoplax является плоский черSвcьhistosoma, виды Nematostella, Helobdella, Homo и Drosophila образуют кладу. Наревдьеях со значениями параметров D=0 иl=60 илиl=75, D=3 иl=75 и только на них наиболее рано отделившейся ветвью животных сл губка Amphimedon; вопрос о филогенетическом положении губки остаётся открытым, но её полож указанное на рис. 1, согсляасуест одной из известных гипотез. ПроSсcтhеiйstшosиoеma mansoni, Mnemiopsis leidyi, Trichoplax adhaerens на деревьях ВКЭ образуют в кладу, которую мы SMобTо,знчатчоа,ем по-видимому, не соответствует их положению на дереве видов, но в заметикхе пооблсоужжеднаиеится на дереве ВКЭ, которое, конечно, отличается от дерева видов. В качестве примера приведём наименьшими значениями этих парамеDтр=о0ви l=60. Обсуждение

При всех значениях параметDриовl построенные деревья ВКЭ мало отличаются. ноА, ирмазеунмно формируется внешняя группа; Tрriоcдhoplax – сестринский для роSдcаhistosoma, и вместе с гребневиком Mnemiopsis они образуют клаSдMуT. Геномы этой клады потеряли много ВКЭ.

Клада SMT устойчиво воспроизводится на большом числе деревоьсетвроенВнКыЭ,х пметодом максимального правдоподобия. Это можно пояснить следующим образом: напрDи=м0ер,иl=6п0ри большинство из 2196 найденных ВКЭ не представлены как , хвотяSMбTы, твак о,дивниодме из Metazoa за пределами SMT; хотя только восемьелВяюКЭт SоMтдT от его дополнения в Metazoa. А именно, тол семь присутствуют у всех Metazoa за пределами SMT. Рис. 1. Дерево высококонсервативных элементов с параметрами D=0 и l=60 (их смысл кратко отмечен выше и подробно в [ 2 ]) Только один ВКЭ, предстанвылейн в SMT, не встречается у других животных: это консерватив домен фермента поли(А-ДрФибоза)-гликогидролаза, который участвует в снабжении энергией сложной системы пространственной модификации хроматина в ядре. Этот ВКЭ служит примером сохран определённого участка ДНК в геномах, которые подвергаются деминуции генетического материала в онтогенеза. Семь, упомянутых выше ВКЭ, позиционно связаны с генами, которые кодир-уют белк зависимая хеликаза, вал-тиРлНК-синтетаза, химерный белок, состанвылейн из убиквитина и- 60S рибосомного белка L40, тяжёлая цепь миози н-дае,замАиМнФаза, -8й фактор сплайсинга -мпРрНеК, фактор элонгации 2. Эти семь – эглеенмовенты систем белкового синтеза и кислородного дыхания в мышечной ткани.

Число генов, позиционно заснвняых с найденными ВКЭ, за пределами SMT равно 1219. значительное число по сравнению -юс 1ге4н7ами, которые в аналогичном смысле представлены за пределами внешней группы. Это поддерживает группировку SMT по сравнению с внешней группо Можно думатьч,то такой состав ВКЭ возник в силу независимой редукциSиchisуtosoпmарaазии,та возможно, их изначального отсутствия у значительно ранее отделившихся гребневиков и пластинч Материалы и методы

Мы рассмотрели геномы 11 видов эукHаoрmиoотs:apiens, Drosophila melanogaster [ 20 ], Helobdella robusta [ 21 ], Schistosoma mansoni [ 5 ], Nematostella vectensis [ 22 ], Mnemiopsis leidyi [ 23 ], Trichoplax adhaerens [ 11 ], Amphimedon queenslandica [ 13 ], Capsaspora owczarzaki, Monosiga brevicollis [ 18 ], Salpingoeca rosetta. Все геномы получены из базы дGанeнnBыaхnk.

ВКЭ построены с помощью оригинальной програмлмиызу,ющрейа алгоритм, который основан на нахождении плотных подграфов и опис]а,н а в ап[2робирован ]в. В[24[ 2 ] подробно описаны параметры D и l. Ве-бстраница [ 19 ] содержит общие сведения о найденных ВКЭокеи, пвомеечёеннсотйр (*), приведены ссылки на электронные таблицы Excel, которые содержат полученные ВКЭ; описание таблиц приведено в конце той же страницы [ 19 ]. В строке, помеченной (**), содержатяся ссылки ВКЭ, полученные по соответствующимжесмтнвоам ВКЭ. Таким образом, доступны распределения ВКЭ по видам, участки ДНК, составляющие ВКЭ, их координаты–; свиедетнаикяже о белках и РНК, у которых кодирующие области перекрывают участки найденных ВКЭ, и т.д. Для других значеDниийl параметр данные не приводятся, но доступны по запросу от авторов.

Деревья ВКЭ построены методом максимального правдоподобия с помощью IQп-TрRогEрEаvм.м1.ы5 [ 25 ]. Оптимальная бинарная эволюционная моGдTелRь2+FO(+R4 в случае, приведённом на ) рис. 1 выбиралась в соответствии с байесовским информационным критерием с помощью алгори ModelFinder [ 26 ]. Значения поддержки ветвей получены мuеltтrоaдfaоsмt bootstrap [ 27 ], реализованным в программIеQ-TREE.

Визуализация деревьев выполнена в прогMраEмGмAе6 [ 28 ]. Благодарности

Исследование выполнено в ИППИ РАН за счет гранта Российского научного фон-5д0а- (проект 00150). Вычисления производились на суперкомпьютере МСhЦttp:/Р/АwНww(.jscc.ru/). Литература 23. P. 1768 References Об авторах: Зверков Олег Анатольевич, кандидат № 6, Институт проблемпередачи [e-mail] Рубанов Лев Израилевич, Институт проблем физ и-мкаотематических наук, научный сотрудник лаборатории

информации им. ХАар.Ак.евича Российской академии наук, кандидат технических наук, старший передачи информации А.Аи.мХ.аркевича научный сотрудник лабо2р,атории Российской академии наук, № [e-mail] Русин Леонид Юрьевич, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лабо6р,атории № Институт проблем передачи информации имХ.аркАев.Аи.ча Российсокй академии наук; научный сотрудник биологического факуль, тМетоасковский государственный университет имени М.В. Ломоносова, [e-mail] Селиверстов Александр Владиславович, кандидат физ и-мкаотематических анук, ведущий научный сотрудник лаборатории 6№,Институт проблем передачи информации имХ.аркАев.Аи.ча Российской академии наsуlкv,[e-mail] Любецкий Василий Александрович, доктор физи-мкаотематических наук, просфсоер, заведующий лабораторией №6, Институт проблем передачи информации имХа.ркАе.вАи.ча Российской академии наук; профессор механик-оматематического факультет,а Московский государственный университет иемни М.В. Ломоносова, [e-mail] Note on the authors: Zverkov Oleg А., Candidate of Science in physics and mathematics, researcher at the Institute for Information

Transmission Problems of the Russian Academy of Sciences, [e-mail] Rubanov Lev I., Candidate of Science in physics and mathematics, leading researcher, Institute for Information

Transmission Problems of the Russian Academy of Sciences, [e-mail] Rusin Leonid Yu., Candidate of Science in physics and mathematics, senior researcher fellow, Institute for Information Transmission Problems of the Russian Academy of Sciences; researcher at the Biological Faculty, Lomonosov Moscow State University, [e-mail] Seliverstov Alexandr V., Candidate of Science in physics and mathematics, senior researcher, Institute for

Information Transmission Problems of the Russian Academy of Sciences, [e-mail] Lyubetsky Vassily A., Doctor of Science in physics and mathematics, professor, head of the laboratory, Institute for Information Transmission Problems of the Russian Academy of Sciences; professor at the Faculty of Mechanics and Mathematics, Lomonosov Moscow State University, [e-mail]

References

1. Bejerano G. , Pheasant M. , Makunin I. , Stephen S. , Kent W.J. , Mattick J.S. , Haussler D. Ultraconserved elements in the human genome // Science. 2004 . V. 304 . № 5675. - 1P3 . 251 .3d2o1i: 10 .1126/science.1098119

2. Rubanov L.I. , Seliverstov A.V. , Zverkov O.A. , Lyubetsky V.A. A method for identification of highly conserved elements and evolutionary analysis of superphylum Alveolata / / BMC Bioinformatics. 2016 . 17 :385. doi: 10 .1186/s12859-016-1257-5

3. Lyubetsky V.A. , Gershgorin R.A. , Seliverstov A.V. , Gorbunov K. Yu . Algorithms for reconstruction of chromosomal structures // BMC Bioinformatics. 2016 . 17 :40. doi: 10 .1186/s12859-016-0878-z

4. Gorbunov K. Yu ., Lyubetsky V.A. Linear algorithm for minimal rearrangement of structures // Problems of Information Transmission. 2017 . V. 53 . № - 17 .2.Pd.oi: 5150 .1134/S0032946017010057

5. Protasio A.V. , Tsai I.J. , Babbage A. , Nichol S. , Hunt M. , Aslett M.A. , De Silva N., Velarde G.S. , Anderson T.J. , Clark R.C. , Davidson C. , Dillon G.P. , Holroyd N.E. , LoVerde P.T. , Lloyd C. , McQuillan J. , Oliveira G. , Otto T.D. , Parker-Manuel S .J., Quail M.A. , Wilson R.A. , Zerlotini A. , Dunne D.W. , Berriman M. A systematically improved high quality genome and transcriptome of the human blood fluke Schistosoma mansoni // PLOS Neglected Tropical Diseases . 2012 . 6 ( 1 ):e1455. doi: 10 .1371/journal.pntd.0001455

6. Schulze F.E. Trichoplax adhaerens, nov . gen., nov. spec // Zoologischer Anzeiger. 1883 . V. 6. P. 92 - 97 .

8. Серавин Л.Н. , Гудков А .В. Trichoplax adhaerens (тип - оPдlaнcоozoиa)з самых примитивных многоклеточных животных (Учебное пособие для студе-нбтиоовлогов) . - СПб: «ТЕССА», 2005 .

9. Nikitin M. Bioinformatic prediction of Trichoplax adhaerens regulatory peptides // General and Comparative Endocrinology . 2015 . V. 212. P. 145 - 155 . doi: 10 .1016/j.ygcen. 2014 . 03 .049

10. Серавин Л .Н. Особенности ориентировки беспозвоночных в пространстве. 4. Реакция перевороатчниывханиясо жив спинной стороны на брюшную // Зоологический журнал . 1989 -. 28V .. 68. P. 18

11. Srivastava M. , Begovic E. , Chapman J. , Putnam N.H. , Hellsten U. , Kawashima T. , Kuo A. , Mitros T. , Salamov A. , Carpenter M.L. , Signorovitch A.Y. , Moreno M.A. , Kamm K. , Grimwood J. , Schmutz J ., Shapiro H. , Grigoriev I.V. , Buss L.W. , Schierwater B. , Dellaporta S.L. , Rokhsar D.S. The Trichoplax genome and the nature of placozoans // Nature. 2008 . V. 454. P. 955 - 960 . doi: 10 .1038/nature07191

12. Schierwater B. , de Jong D., DeSalle R. Placozoa and the evolution of Metazoa and intrasomatic cell differentiation // The International Journal of Biochemistry & Cell Biology . 2009 . V. 41 . № 2 -. 37P9 .. d3o7i: 010 .1016/j.biocel. 2008 . 09 .023

13. Adamska M. , Degnan S. , Green K. , Adamski M. , Craigie A. , Larroux C. , Degnan B. , Fraser J . Wnt and TGF-beta expression in the sponge Amphimedon queenslandica and the origin of metazoan embryonic patterning // PLoS ONE . 2007 . 2 ( 10 ):e1031. doi: 10 .1371/journal.pone.0001031

14. Dellaporta S. L. , Xu A. , Sagasser S. , Jakob W. , Moreno M. A , Buss L. W. , Schierwater B . Mitochondrial genome of Trichoplax adhaerens supports Placozoa as the basal lower metazoan phylum // Proc. Nat. Acad. Sci. USA . 2006 -. 87V5.6. d1o0i3:. № 10 .1073/pnas.0602076103

15. Mikhailov K.V. , Slyusarev G.S. , Nikitin M.A. , Logacheva M.D. , Penin A.A. , Aleoshin V.V. , Panchin Y.V. The genome of Intoshia linei affirms orthonectids as highly simplified spiralians // Current Biology. 2016 . V. 26 . - 17 № 74 . d1o3i:. P. 10 .1016/j.cub. 2016 . 05 .007

16. Slyusarev G.S. , Starunov V.V. The structure of the muscular and nervous systems of the female Intoshia linei (Orthonectida) // Organisms, Diversity & Evolution. 2016 . V. 16 .-7№ 1 . do1i:. 10P.1.00675/s13127-015-0246-2

17. Paknia O. , Schierwater B . Global habitat suitability and ecological niche separation in the phylum Placozoa / / PLoS One. 2015 . 10 ( 11 ):e0140162. doi: 10 .1371/journal.pone.0140162

18. Lang B.F. , O'Kelly C. , Nerad T. , Gray M.W. , Burger G. The closest unicellular relatives of animals // Current Biology . 2002 . V. 12 . № 20. P. 1773 - 1778 .

19. Найденные ВКЭ для 11 видов [электронный ресурhс]ttp:////labU6R.iLi:tp.ru/docs/metazoa/hces.html ( 01 . 10 . 2017 )

20. Hoskins R.A. , Carlson J.W. , Kennedy C. , Acevedo D. , Evans-Holm M. , Frise E. , Wan K.H. , Park S. , Mendez-Lago M. , Rossi F. , Villasante A. , Dimitri P. , Karpen G.H. , Celniker S.E. Sequence finishing and mapping of Drosophila melanogaster heterochromatin // Science. 2007 . V. 316 . № 5831. - 1P6 . 281 .6d2o5i: 10 .1126/science.1139816

21. Simakov O. , Marletaz F. , Cho S.J. , Edsinger-Gonzales E. , Havlak P. , Hellsten U. , Kuo D.H. , Larsson T. , Lv J. , Arendt D. , Savage R. , Osoegawa K. , de Jong P., Grimwood J. , Chapman J.A. , Shapiro H. , Aerts A. , Otillar R.P. , Terry A.Y. , Boor e J.L. , Grigoriev I.V. , Lindberg D.R. , Seaver E.C. , Weisblat D.A. , Putnam N.H. , Rokhsar D.S. Insights into bilaterian evolution from three spiralian genomes / / Nature. 2013 . V. 493 . № 7433 -, 53P1 .. d5o2i:610.1038/nature11696

22. Putnam N.H. , Srivastava M. , Hellsten U. , Dirks B. , Chapman J. , Salamov A. , Terry A. , Shapiro H. , Lindquist E. , Kapitonov V.V. , Jurka J. , Genikhovich G. , Grigoriev I.V. , Lucas S.M. , Steele R.E. , Finnerty J.R. , Technau U. , Martindale M.Q. , Rokhsar D.S. Sea anemone genome reveals ancestral eumetazoan gene repertoire and genomic organization // Science. 2007 . V. 317 . № 5834 -. 94P .. doi8:6 10 .1126/science.1139158

23. Ryan J.F. , Pang K. , Schnitzler C.E. , Nguyen A.D. , Moreland R.T. , Simmons D.K. , Koch B.J. , Francis W.R. , Havlak P. , Smith S.A. , Putnam N.H. , Haddock S.H. , Dunn C.W. , Wolfsberg T.G. , Mullikin J.C. , Martindale M.Q. , Baxevanis A.D. The genome of the ctenophore Mnemiopsis leidyi and its implications for cell type evolution / / Science. 2013 . V. 342. I. 6164 . 1242592. doi: 10 .1126/science.1242592

24. Gershgorin R.A. , Gorbunov K. Yu ., Zverkov O.A. , Rubanov L.I. , Seliverstov A.V. , Lyubetsky V.A. Highly conserved elements and chromosome structure evolution in mitochondrial genomes in ciliates // Life. 2017 . 7:9 . doi: 10 .3390/life7010009

25. Nguyen L.-T. , Schmidt H.A. , von Haeseler A. , Minh B.Q. IQ-TREE : A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies // Molecular Biology and Evolution. 2015 . V. 32. P. 268 - 274 . doi: 10 .1093/molbev/msu300

26. Kalyaanamoorthy S. , Minh B.Q. , Wong T.K.F. , von Haeseler A. , Jermiin L .S. ModelFinder: Fast Model Selection for Accurate Phylogenetic Estimates // Nature Methods. 2017 . V. 14 . № 6 -. 58P9 .. d5o8i: 710 .1038/nmeth.4285

27. Minh B.Q. , Nguyen M.A.T. , Haeseler A. von. Ultrafast approximation for phylogenetic bootstrap // Molecular Biology and Evolution. 2013 . V. 30. P. 1188 - 1195 . doi: 10 .1093/molbev/mst024

28. Tamura K. , Stecher G. , Peterson D. , Filipski A. , Kumar S. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6 .0 // Molecular Biology and Evolution. 2013 . V. 30 . № 12. - 2P7 . 292 .7d2o5i: 10 .1093/molbev/mst197

Bejerano G. , Pheasant M. , Makunin I. , Stephen S. , Kent W.J. , Mattick J.S. , Haussler D. Ultraconserved elements in the human genome // Science. 2004 . V. 304 . № 5613752 . 1 - 1P3 . 25 . doi: 10 .1126/science.1098119

2. Rubanov L.I. , Seliverstov A.V. , Zverkov O.A. , Lyubetsky V.A. A method for identification of highly conserved elements and evolutionary analysis of superphylum Alveolata / / BMC Bioinformatics. 2016 . 17 :385. doi: 10 .1186/s12859-016-1257-5

3. Lyubetsky V.A. , Gershgorin R.A. , Seliverstov A.V. , Gorbunov K. Yu . Algorithms for reconstruction of chromosomal structures // BMC Bioinformatics. 2016 . 17 :40. doi: 10 .1186/s12859-016-0878-z

4. Gorbunov K. Yu ., Lyubetsky V.A. Linear algorithm for minimal rearrangement of structures // Problems of Information Transmission. 2017 . V. 53 . № - 17 .2.Pd.oi: 5150 .1134/S0032946017010057

5. Protasio A.V. , Tsai I.J. , Babbage A. , Nichol S. , Hunt M. , Aslett M.A. , De Silva N., Velarde G.S. , Anderson T.J. , Clark R.C. , Davidson C. , Dillon G.P. , Holroyd N.E. , LoVerde P.T. , Lloyd C. , McQuillan J. , Oliveira G. , Otto T.D. , Parker -Manuel S .J., Quail M.A. , Wilson R.A. , Zerlotini A. , Dunne D.W. , Berriman M. A systematically improved high quality genome and transcriptome of the human blood fluke Schistosoma mansoni // PLOS Neglected Tropical Diseases . 2012 . 6 ( 1 ):e1455. doi: 10 .1371/journal.pntd.0001455

6. Schulze F.E. Trichoplax adhaerens, nov . gen., nov. spec // Zoologischer Anzeiger. 1883 . V. 6. P. 92 - 97 .

7. Malahov V.V. Zagadochnye gruppy morskih bespozvonochnyh. M.: Izdatel'stvo Moskovskogo universiteta , 1990 .

8. Seravin L.N. , Gudkov A.V. Trichoplax adhaerens (tip Placozoa) - odno iz samyh primitivnyh mnogokletochnyh zhivotnyh (Uchebnoe posobie dlja studentov-biologov) . - SPb: «TESSA», 2005 .

9. Nikitin M. Bioinformatic prediction of Trichoplax adhaerens regulatory peptides // General and Comparative Endocrinology . 2015 . V. 212. P. 145 - 155 . doi: 10 .1016/j.ygcen. 2014 . 03 .049

10. Seravin L.N. Osobennosti orientirovki bespozvonochnyh v prostranstve. 4. Reakcija perevorachivanija zhivotnyh so spinnoj storony na brjushnuju // Zoologicheskij zhurnal . 1989 . V. 68. P. 18 - 28 .

11. Srivastava M. , Begovic E. , Chapman J. , Putnam N.H. , Hellsten U. , Kawashima T. , Kuo A. , Mitros T. , Salamov A. , Carpenter M.L. , Signorovitch A.Y. , Moreno M.A. , Kamm K. , Grimwood J. , Schmutz J ., Shapiro H. , Grigoriev I.V. , Buss L.W. , Schierwater B. , Dell aporta S.L. , Rokhsar D.S. The Trichoplax genome and the nature of placozoans // Nature. 2008 . V. 454. P. 955 - 960 . doi: 10 .1038/nature07191

12. Schierwater B. , de Jong D., DeSalle R. Placozoa and the evolution of Metazoa and intrasomatic cell differentiation // The International Journal of Biochemistry & Cell Biology . 2009 . V. 4 - 13 . 79 №.doi:21.0. 1P0 . 163 /7j0.biocel. 2008 . 09 .023

13. Adamska M. , Degnan S. , Green K. , Adamski M. , Craigie A. , Larroux C. , Degnan B. , Fraser J . Wnt and TGF-beta expression in the sponge Amphimedon queenslandica and the origin of metazoan embryonic patterning // PLoS ONE . 2007 . 2 ( 10 ):e1031. doi: 10 .1371/journal.pone.0001031

14. Dellaporta S. L. , Xu A. , Sagasser S. , Jakob W. , Moreno M. A , Buss L. W. , Schierwater B . Mitochondrial genome of Trichoplax adhaerens supports Placozoa as the basal lower metazoan phylum // Proc. Nat. Acad. Sci. USA . 2006 -. 87V5.6. d1o0i3: . 10 .1073/pnas.0602076103

15. Mikhailov K.V. , Slyusarev G.S. , Nikitin M.A. , Logacheva M.D. , Penin A.A. , Aleoshin V.V. , Panchin Y.V. The genome of Intoshia linei affirms orthonectids as highly simplified spiralians // Current Biology. 2016 . 3 . VP. 172668 .- 17 № 74 . d1oi: 10 .1016/j.cub. 2016 . 05 .007

16. Slyusarev G.S. , Starunov V.V. The structure of the muscular and nervous systems of the female Intoshia linei (Orthonectida) / / Organisms, Diversity & Evolution. 2016 . V. 16 .-7№ 1 . do1i:. 10P.1.00675/s13127-015-0246-2

17. Paknia O. , Schierwater B . Global habitat suitability and ecological niche separation in the phylum Placozoa / / PLoS One. 2015 . 10 ( 11 ):e0140162. doi: 10 .1371/journal.pone.0140162

18. Lang B.F. , O'Kelly C. , Nerad T. , Gray M.W. , Burger G. The closest unicellular relatives of animals // Current Biology . 2002 . V. 12 . № 20. P. 1773 - 1778 .

19. Найденные ВКЭ для 11 видов [электронный ресурhс]ttp:////labU6R.iLi:tp.ru/docs/metazoa/hces.html ( 01 . 10 . 2017 )

20. Hoskins R.A. , Carlson J.W. , Kennedy C. , Acevedo D. , Evans-Holm M. , Frise E. , Wan K.H. , Park S. , Mendez-Lago M. , Rossi F. , Villasante A. , Dimitri P. , Karpen G.H. , Celniker S.E. Sequence finishing and mapping of Drosophila melanogaster heterochromatin // Sc ience . 2007 . V. 316 . № 5831. - 1P6 . 281 .6d2o5i: 10 .1126/science.1139816

21. Simakov O. , Marletaz F. , Cho S.J. , Edsinger-Gonzales E. , Havlak P. , Hellsten U. , Kuo D.H. , Larsson T. , Lv J. , Arendt D. , Savage R. , Osoegawa K. , de Jong P., Grimwood J. , Chapman J.A. , Shapiro H. , Aerts A. , Otillar R.P. , Terry A.Y. , Boore J.L. , Grigoriev I.V. , Lindberg D.R. , Seaver E.C. , Weisblat D.A. , Putnam N.H. , Rokhsar D.S. Insights into bilaterian evolution from three spiralian genomes / / Nature. 2013 . V. 493 . № 7433 -, 53P1 .. d5o2i:610.1038/nature11696

22. Putnam N.H. , Srivastava M. , Hellsten U. , Dirks B. , Chapman J. , Salamov A. , Terry A. , Shapiro H. , Lindquist E. , Kapitonov V.V. , Jurka J. , Genikhovich G. , Grigoriev I.V. , Lucas S.M. , Steele R.E. , Finnerty J.R. , Technau U. , Martindale M.Q. , Rokhsar D.S. Sea anemone genome reveals ancestral eumetazoan gene repertoire and genomic organization // Science. 2007 . V. 317 . № 5834 -. 94P .. doi8:6 10 .1126/science.1139158

23. Ryan J.F. , Pang K. , Schnitzler C.E. , Nguyen A.D. , Moreland R.T. , Simmons D.K. , Koch B.J. , Francis W.R. , Havlak P. , Smith S.A. , Putnam N.H. , Haddock S.H. , Dunn C.W. , Wolfsberg T.G. , Mullikin J.C. , Martindale M.Q. , Baxevanis A.D. The genome of the ctenophore Mnemiopsis leidyi and its implications for cell type evolution / / Science. 2013 . V. 342. I. 6164 . 1242592. doi: 10 .1126/science.1242592

24. Gershgorin R.A. , Gorbunov K. Yu ., Zverkov O.A. , Rubanov L.I. , Seliverstov A.V. , Lyubetsky V.A. Highly conserved elements and chromosome structure evolution in mitochondrial genomes in ciliates // Life. 2017 . 7:9 . doi: 10 .3390/life7010009

25. Nguyen L.-T. , Schmidt H.A. , von Haeseler A. , Minh B.Q. IQ-TREE : A fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies // Molecular Biology and Evolution. 2015 . V. 32. P. 268 - 274 . doi: 10 .1093/molbev/msu300

26. Kalyaanamoorthy S. , Minh B.Q. , Wong T.K.F. , von Haeseler A. , Jermiin L .S. ModelFinder: Fast Model Selection for Accurate Phylogenetic Estimates // Nature Methods. 2017 . V. 14 . № 6 -. 58P9 .. d5o8i: 710 .1038/nmeth.4285

27. Minh B.Q. , Nguyen M.A.T. , Haeseler A. von. Ultrafast approximation for phylogenetic bootstrap // Molecular Biology and Evolution. 2013 . V. 30. P. 1188 - 1195 . doi: 10 .1093/molbev/mst024

28. Tamura K. , Stecher G. , Peterson D. , Filipski A. , Kumar S. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6 .0 // Molecular Biology and Evolution. 2013 . V. 30 . № 12. - 2P7 . 292 .7d2o5i: 10 .1093/molbev/mst197